1.南昭国是外邦,中原门派估计不会管。个人理解。
2.女娲抗拒伏羲命令,被删神籍。三皇之一人皇由轩辕氏代替。由此女娲事迹销声匿迹,蜀山盟(蜀山派前身)形成,供奉的是天皇伏羲、地皇神农、人皇轩辕氏。而女娲仅剩苗疆一带供奉。
3.赵灵儿和水魔兽同归于尽,独孤剑圣才醒悟。后来独孤剑圣结合前代掌门徐长卿留下的记录,搜寻女娲族事迹,开始撰写女娲族志。李逍遥上台以后,才把女娲重新列为三皇之一。(参考的仙剑官方纪年表)
所以当时剑圣没有出手也正常。